日本初の総合商社。歴史上、まだ商事会社という日本語すら無かった明治初期に、あらゆる産品の貿易を手掛ける世界に類を見ない民間企業として発展し、後に「総合商社」と称される企業形態の原型を造った。

明治時代の日本企業による海外進出は、まず三井物産が進出し、日本郵船が航路を開き、横浜正金銀行（現・三菱UFJ銀行）が支店を出すと言われ、日本の外交官から「公館（大使館・領事館）無けれど物産あり」と言われるほど、官民を問わず、日本の組織としていち早く海外の辺境地域へ進出していた。

戦後財閥解体により一時解散を余儀なくされるが、1959年（昭和34年）2月旧三井物産系商社が大合同し現在の三井物産が誕生。大合同により当時最大の総合商社の地位を取り戻すが、三井グループ挙げて投資したイラン・ジャパン石油化学（IJPC）がイラン革命及びイラン・イラク戦争により暗礁に乗り上げ、三菱商事にその座を譲る。

同社は多くの人材を輩出している。戦前の大日本麦酒（現・アサヒビール、サッポロビール）、大正海上火災保険（現・三井住友海上火災保険）、東レなどの三井グループの中核企業には、旧三井物産出身者の設立した企業が少なくないことから、「組織の三菱」に対し「人の三井」と言われる。

トヨタグループの創設者である豊田佐吉の自動織機製造の資金・海外展開面で支援したことから、トヨタグループとの繋がりも深く、現在もカナダや中南米の一部の国におけるトヨタの販売会社（ディーラー）に出資する等の関係を継続している。セブン&アイ・ホールディングスと親密で物流やショッピングセンターの開発などの面で提携している。