1998年に旧バンダイはセガ（後のセガゲームス）と合併してセガバンダイになる予定であったが、社内の反対が強く合併は中止となった。

2003年にセガと同じ大田区を拠点としている旧ナムコもセガに合併を申し入れていたが、セガ側からの回答がないままサミーがセガの買収を成立させ、セガサミーホールディングスとなっている。
旧バンダイと旧ナムコの経営統合は、奇しくもセガとの合併に失敗した者同士による縁組みだったが、統合成功の背景にあるのは、ゲーム・玩具業界の事業環境の激変と両者経営陣のリーダーシップ、重複の少ない事業部門だったといわれる。また、「エンターテイメントを通じ夢や感動を提供するという両社の企業使命が共通していたため、今回は現場レベルでも「ぜひ実現させよう」という全体的な動きとなった。

「バンダイナムコ」の名称は、バンダイナムコエンターテインメントが社名およびロゴに使用しているが、統合後しばらくは「バンダイ」「ナムコ」「バンプレスト」を併存させ「バンダイナムコ」を商品ブランドとしたのは「バンダイナムコゲームス」と「バンダイナムコオンライン」であった。2014年に「バンダイナムコ」ブランドへの統合と、英語社名のBandai Namcoの順への統一が行われた。

設立当初、本社は、バンダイ本社（東京都台東区）とナムコ本社（大田区）の中間地点である港区のJR品川駅前に置かれていた。