在宅勤務で交通費を実費精算　年金に影響する可能性も

これってよく考えたら「同じ能力、同じ成果、同じ給与」の人でも、住んでる場所が違えば定期代も違い、徒歩通勤している人より2時間かけて通ってきている人の方が将来もらえる年金が増えるという不思議な制度だということが露呈したということですね。(当然社会保険料は高くなるわけですが、それも会社が半分払ってくれてますからね)

交通費実費精算するなら、自宅勤務時の費用サポートもしてほしいものだが。

これは処理を実費精算にしているだけであって、
全てのケースで社会保険料の算定から除いて良いというわけではないので注意が必要ですね。
当面、ハッキリしないだろうから、
管轄の年金事務所に確認しながら進めることをお勧めします。

これは元々の制度設計がおかしい。早々に見直した方がいい案件だと思います。