Amazonの場合は、自社倉庫物件については、A案件で損してB案件で得して全部で採算をとることが可能。
しかし、加盟店方式の場合、個々の企業が個別案件で採算をとらないといけない。
（Amazonでも、マーケットプレイスでは、送料を個々の加盟店が自由に設定している。）

だから、加盟店方式では、本部が補填しない限り、個々のお店は送料を無料化するのが難しい。
「3980」円というラインは、本部が補填しないで、個々の加盟店が採算をとれるラインということなのでしょう。

問題は、このライン設定が、小口案件の受注減につながる可能性があることだと思います。