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ツッコミどころしかなくて驚きです。統計手法から管理まで、こんなことが起きていれば当然日本は世界に取り残されていくでしょう。(もう現在進行形かもしれませんが)

大きくは3点です。
・提出書類が鉛筆記載であること
・原本保存がなされていないこと
・指摘後も統計改竄が続いたこと

まずなぜ統計資料や国への提出資料が鉛筆なのでしょうか。基本他人に渡す資料は黒ボールペンが基本であり、国家統計にも関わる物を保存性の低い鉛筆で書くのはどうなのでしょうか。要らぬ所に印鑑やら求めたりする割に、肝心なところがなぜ鉛筆だったのでしょうか。
無論、マークシートやは大量のデータを処理するのに有用であり、これらが鉛筆でしか記入できない事は大きく影響します。しかしこの調査票を確認すればOCRと見受けられ、ボールペンでの記入が可能な形式にもできたはずです。
デジタル化も進む時代であり、データ改竄がより困難な(ログが残せる)様にするのが望ましいのはもちろんですが、そうでなくても鉛筆でこのような統計が未だに取られているのには疑問があります。

そしてこれは逆に当然かもしれませんが、「提出元データを操作する」というのは統計において最も信頼性をなくす行為であり、もはやこれまでの統計はほぼ意味を成さないという事です。
特に後から判明した場合に、データの修正ができないというのは問題であり、バレない為にやっていたとすれば浅薄です。
目的は色々ありそうですが、科学的にはもはやこれまでの統計はゴミ同然、参考にすらならないという事になります。

また指摘後も、「前後比較が」と言って改ざんが続いた所が、組織の統計に関するリテラシーの低さを表しています。
統計的に正確な手法で取られていないデータは、前後比較したところで全く意味のないものであり、速やかに適切な手法に修正するのが当たり前です。
人の手により徐々に直すことでデータの連続性を確保しようとしたなら、もはやそのデータ全てが意図的に操作されており、やはりゴミになります。
同じ手法でしばらく続けようとしたなら、事の重大性が認知できていないとしか言えません。

地方自治体ならまだしも、国家省庁でこの様な事が行われたのは、行政そのものへの信頼を揺るがす事態のはずです。
この問題がそこまで大きくならない事自体にも、日本の国民やメディアの科学リテラシーの問題を感じます。
なんか、もう色々ドン引きです…