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窒素を生産する「遺伝子操作をされた微生物」の土壌投入は
新たな議論を生み出すように思います。
微生物の世界は未解明のことが多いでしょうから大量投入した場合に生態系にどのような影響を及ぼすのか?
少なくとも遺伝子組み換え作物に拒否反応の強い日本での利用はあったとしてもずいぶん先のように思えます。

また、窒素過剰による温室効果ガス発生については化学肥料もさることながら
家畜糞を利用した有機肥料においても同じようなことが起こっているのではないかと思います。
化学肥料による環境負荷の評価も意見が分かれるところで、

単純に 化学肥料=環境負荷が高い

というイメージを持ってしまいがちなところも冷静に考えた方が良いポイントと思います。
過剰利用が環境負荷を高めるのは化学肥料に限ったことではありません。

私たちが口にしている農産物の97%以上は化学肥料を使っていますが、それによって日本の環境が破壊されているという事実は
少なくとも現状では明らかになっていないと認識しています。
また実際には多くの農家は化学肥料と有機肥料や有機資材を併用しており、当然自分の農地の持続的な生産性向上を追求しているので環境を犠牲にしながら化学肥料を過剰利用しているという例はごく少ないと思います。
環境に悪影響を及ぼす化学肥料への依存度を下げるため、窒素を使って作物を自殖させる方法を研究