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「療養期間終了後に再陽性となるケースは一定数あり、新たな隔離や濃厚接触者の特定などの必要はないという。」

再陽性も持続陽性もいますが、隔離も濃厚接触者特定も必要ありません。
(軽症〜中等症では10日で感染性がほとんどなくなるから、かつ、そのタイミングのPCRで感染性評価ができない)

では、なぜ再検査したのでしょう?6日までの隔離要請の妥当性は??

ちょっとよくわからないことになってますね。
この段階でこれです。開会が迫った時点で入国時に陽性確認では(常識的に考えれば)試合には出られません。
ウィルス拡散以前に、大会として成立するのかどうかすら危ぶまれますね。