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この計画には、2つの大きなベネフィットが考えられます。

1点は、人の出入りが少なければという条件付きですが、集団免疫の獲得です。離島や人口の少ない自治体では、人々の生活が密接に繋がっている傾向にあり、一度感染が流行するとたちまち広がってしまう可能性があります。一方、医療資源は限定されており、たちまち医療の需給関係が崩れるリスクがあります。

仮に離島の人口全員がたちまち予防接種でカバーされれば、その島は少々の人の出入りがあっても当面コロナウイルスから守られることになると考えられます。

もう1点は、限られたワクチンの有効活用です。離島では、都市部以上に融通がききづらくなり、ワクチンに無駄が発生する可能性が高くなります。それを防ぐ意味合いは大きいと思います。

懸念点としては、ワクチンを追い求める人が殺到する"vaccine chaser"の発生の可能性が挙げられます。現時点で厚労省は、申請があれば、出産のために里帰りしている妊産婦、遠隔地へ下宿している学生、単身赴任者などは異なる自治体でも接種を受けられるとしています。この「申請」プロセスついて合わせて検討しておかないと、混乱が生じる可能性もあります。
離島でクラスターが起こった場合のリスクと対応の困難さを考えると、極めて合理的です。

沖縄では、観光依存度が高い島がたくさんあります。
これらの島では死活問題です。
ワクチンを無駄にしないためにもこのような措置は当然あってよいと思います。
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総人口1千人程度未満の離島や自治体について、優先接種の対象となっている65歳以上の高齢者と同時期に、高齢者以外に接種することを条件付きで容認する通知
厚生労働省は若者が感染経路になっているから自粛しろと言っているのだから本当に感染拡大を予防したかったら「若者優先」にするべき

年齢別感染者数
https://www3.nhk.or.jp/n-data/dn/182060.jpg