アップルがドローンを開発中かどうかは分かりません．記事にある特許もどういうものかも分かりませんが，一般的なことをコメントいたします．

昨年度，総務省で携帯電話の「上空利用検討作業班」に参加しました．
携帯電話システムは地上での利用を前提にシステムを構成されています．そのため，ドローンのように上空からアクセスすると，同じ周波数の電波を用いる他の基地局と混信を起こし，普通に地上で利用されている携帯電話も通じないなどの影響が生じます．そこで，時間をかけて個別に実用化試験局の免許を得る必要があったのですが，今年から各キャリアへ申請することで利用できるように緩和されました．
問題となる混信についてですが，干渉を回避するためにドローンが基地局からの信号を測定し，飛行高度情報と合わせて基地局間の干渉の可能性を予測し，上り（ドローン等→基地局向け通信)の出力を抑制する方法がとられています．携帯電話の国際標準化機関「3GPP」でもそのような方針が検討されています．