チェンさんがはられているリンクに飛ぶとRanking indicatorsという項目があり、なにを根拠にランキングしているかがわかります。
OVERALL SCORE
ACADEMIC REPUTATION
EMPLOYER REPUTATION
FACULTY STUDENT
INTERNATIONAL FACULTY
INTERNATIONAL STUDENTS
CITATIONS PER FACULTY

東大はひたすら下記の2点が足を引っ張っている事がわかります。
INTERNATIONAL FACULTY
INTERNATIONAL STUDENTS


ちょうど関連のコメントを下記の記事でしたばかりでした。

大学運営や受験産業に影響大　日本の「難関」大学が減る理由
https://newspicks.com/news/5540702

上位大学は確かにどれも素晴らしい。
しかしこの手のランキングでは必ず国際性が問われることになる。コロナでこの状況が今後どのように変化するだろうか。
また、日本語を用いる日本の大学はどうしても不利な状況であり、ランキングを高めるための国際化教育の重点化は常に課題とされ、各大学にもプレッシャーがかかっていた。しかし実際には単純に海外からの人を増やせばいいという話ではない。本当に国際的にインパクトと意義のある成果を出していくための研究の質が問われているのだと思う。
日本の知識人は基本的に日本語で勉強や情報収集をする。それゆえ、日本国内でのインパクトとしては日本語出版物が評価され、国内の様々な人たちに広めるには効果がある。しかしそれにより国際評価とのギャップにもつながっている。翻訳技術AIの発達により、多くの知が詰まっている日本語成果物が海外でもより広く評価されるようになれば、少しは状況が変化するだろうか。

日本の大学の世界大学ランキングにおける地位が低下して嘆かわしいといった自虐ネタのような報道をされることも少なくありませんが、産官学連携でインダストリー4.0を推進する大国ドイツは50位、お隣のフランスでは52位にやっと出てくる程度。ドイツやフランスでも同じように自虐的な報道がされているものなんでしょうか？？？

もっとも、産学連携って大学の評価にまったくつながらないので、大学の実力も何を見るかによってだいぶ変わりますよね。

日本で文系と分類される分野に特化した大学は蚊帳の外のようです。

1位MIT、2位スタンフォード。ぼくは両方にいたんで、日本の大学との違いをずっと反芻しています。教育や研究の水準は当然ながら、それを超えた社会での存在感とか、人類全体に向けたメッセージ性とか、それらを引き受ける覚悟というか、そのあたりの違い。日本は束になって考える、しかなさそう。