観光庁と事務局にはきちんと判断いただきたいですが、、、感覚のコメントが多そうなので、真面目にコメントさせてください。
私も旅行事業者なので、ポジショントーク入りそうなのも割り引いて読んでいただければ。しかし、ビジネスのキャッシュフローを見られている方は一つの見解として理解できる話ではあるとは思います。
ただし、現地支払いと事前支払いで手数料率違うのがクールかと言われると、私もダウトですね。
ここでは、35％が事前決済手数料をかける範囲かを議論したい趣旨です。

>一休は決済手数料をはじめ一切の負担は生じない。
これは違うかと思います。
35%の支援は旅行会社や宿泊施設（事業者）ではなく、宿泊利用者が受け取れるもので、事業者は代理申請しているだけです。

つまり、
>カード決済手数料は「カード決済施設利用料」として、「利用者がカード決済システムを用いて事前に支払を済ませた宿泊金額」と定義している。

この点について、支払いとは債務を履行したタイミングであると整理すると、支払い時点で、クレジットカード会社に債務が移行したのと同様に、利用者から国へ債務が移行しているため、「事前に支払いを済ませた宿泊金額」は35%も含まれる金額であるのが妥当な解釈であると考えます。

また、決済を代わりにすることのコストは、クレジットカード会社への決済手数料だけでなく、お金が入ってこないのにお金を払うことのコストもあります。
一休の支払いの頻度は存じ上げないのですが、現地決済であれば生じないコストを負担してはいるのだろうと思います。

債権の相手が、クレジットカード会社なのか、国なのかは関係なくコストは生じるので、不適切と指摘するほどのことなのかは議論があるかと思いました。

総じて私が思うのは、こういう足の引っ張り合いしている方が社会全体のコストです。
とは言え、ITサービス業が伸びてしまって恩恵受けているなら、その利益を還元せよとの気持ちはわかりますので、シッカリ議論していただきたいなと思います。

コロナ禍により非デジタルは死地に追いやられ、デジタルとの優勝劣敗が明確になっています。対立しても誰も得しないので、DXに全社が注力するしかない。

<追記>
>各施設にとってはわずか3.5％の決済手数料
これも違います。1%の利益を捻出するのは大変。3.5%はわずかではありません。