個人的に感じるデジタル教科書の課題は、カスタマイズ性のなさをどう解消するかという点です。これまでの教師は様々な工夫を凝らして教材研究を重ねてきました。これは、アナログメディアとしての優位点だと言えます。
しかし、デジタル教科書を切ったり貼ったりすることはかなり難しく、画一的になりかねないのではという懸念があります。（もちろん結局は使い方だということも理解しています）
個人的には「プログラマブルな電子黒板」や「プログラマブルなデジタル教科書」が必要で、なんなら子どもたちがそれを自分で作ることが最大の学びになるだろうと考えています。