ワクチンの輸送を考える上で、その保管方法も考慮しなければなりません。多くのワクチンは、2度から8度の冷蔵が必要とされ、先行している新しいタイプのワクチンの中には氷点下の「冷凍」での保管が必要なものもあります。

「冷蔵」や「冷凍」保存が必要となると、それに対応できない航空機も多く、ただ航空機を準備するというだけではなくなります。それ相応の航空機の準備、また輸送先の周到な準備も必要とされます。