確かに今まで安すぎたというのは事実かと思いますが、ポイントは集めた資金で何をするのか、だと思います。
こういうタイミングだからこそ、今必要な事業とそうでない事業の見直しとセットとすべきではないでしょうか。

金額の大小は置いておいて、いわゆる競技連盟と呼ばれる団体は自動的に入ってくる登録料頼りの予算消化型に近い構造が長年続いてきたフシがある。ビジネス面での自助努力というよりは人気頼り(競技人口頼り)だったので。陸連のことは詳しくは知らないけど、安易に決めた風に見えるので流石に反発はくらうと思う。

なんなんですかね？
陸上のことは全く分かりませんが、物事の順序ってある様な気がします。

日本陸連が、各都道府県の陸上競技協会に対し、これまで100円程度だった選手1人当たりの「登録料」を1500円に引き上げる提案をしたという朝日新聞の報道。「今年はコロナ禍でスポンサー収入や大会の事業収入が激減する見込み。そのため、今回の提案に至った」とのこと。
ちなみに記事中に水泳については1人あたり1050円と書かれています。陸連が安すぎたのかなとはおもいますが....

今までが安すぎたとはいえ15倍は上げすぎ、
ただその資金の使い道がしっかりと選手に還元されるのなら、問題ないのですが、、、
大抵はそうならないのが行政をはじめとした教育関連機関

むしろ15,000円払うくらいの事をして人材を集めないといけないくらいの業界なのに、、、

日本陸連はいつもおかしなことをやる印象があります。

本筋から少し逸れますが、本件が決定事項ではない段階で記事になるということは、反対派の地方団体がマスコミに漏らして世論を味方につけ、阻止しようとしてるんだと思います。
日本協会側が強硬に進めようとしているため地方協会が対抗措置を取ったのか、または日本協会としてはまだ意見照会のつもりが地方協会側が過剰反応ししたのか、どちらかでしょうね。スポーツ団体にはありがちです。

「これまで100円程度だった選手1人当たりの「登録料」」

１００円でやっていた今までが異常だったのではないでしょうか。

この値段でスポーツをやれるということがおかしかったのだと思います。特に小中高の大会は運営もほとんど教員がやっています。教員は人件費を出さなくて良いので、日常の指導も大会運営も低コストで行えます。

この低コスト体質が長く続いたせいで、例えばスポーツトレーナーの給与が低いままだったりマイナースポーツが資金難で苦しんだりと、スポーツ界全体のマネタイズがうまく行きません。まずはしっかりと説明をして必要なコストは参加者が払うという意識を社会全体が共有するべきだと思います。