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・税金については「通勤手当は収入に含めない」
・社会保険料については「通勤手当も収入に含める」

これ、認識されていない方結構いらっしゃるんじゃないでしょうか。普段は「通勤手当なんて、右から左に流れているだけなのでなぜ収入扱いされるの?」って思っていましたが年金を考えるとまた違う視点になるってことですね。
恐らくこれから国税庁が細かい基準を作ると思いますが、在宅勤務手当が、課税が非課税かは、一律ではないと思います。
→今は、リモートワークが始まったばかりなので基準がない

例えば、リモートワークの為に家での仕事環境について具体的に指示を出した場合(→wifi環境の基準やパソコン管理の方法など)には、非課税にする可能性が高いのでは?

通勤手当が非課税なのは、その交通費を使って会社に来ないと仕事が出来ないので、会社が社員に会社に来るように命令して、実際に通勤に使っていることが明らかだからです。

ちなみに、通勤手当は世界的にマイナーな手当です。アメリカでは通勤手当がないのが一般的です。
→だから、頻繁に引越しをするとも言えます

確かに高い通勤手当を貰っていた人がリモートワークになれば、年金は減りますが、それに呼応して厚生年金保険料も減ります。そこに言及しないといけないです。
あまり詳しくなかった領域なので、興味深い。
個人的には阿部さんのコメントに近い考え方で、報酬体系やそれにまつわる税制度などを抜本的に変えるタイミングだと思う。そして抜本的に変えるなら、個人的には業務報酬分と手当分を分けるといったことがあるといいのではないかと思う。
自分の基本的な考え方は、業務・成果に対して報酬が払われるのが一番フェア。ただ会社は一定のコミュニティ側面もあるし、またそれでモチベーションが上下しやすいのは事実。モチベーションを上げることは個人・会社・社会のためになるとも思う。
手当は、各社の考え方があらわれていて柔軟に運用しやすい。その意味で、一定の基準を満たしたり、標準パターンを用意してそれを用いた場合について、そこは税金控除したり安くするといった運用はありだと思う(もちろん上限は必要)。
同じ給与なのに遠くから来ている人の方が受け取る年金が多いという方がオカシイですよね。