子供に関する個人情報に関する議論は非常に難しい論点（自治体ごとに異なる）だと思います。一方で、以下の点がシステム上クリアできれば良いという話でもあるかと思います。

・個人情報が入ったシステムはインターネットには繋げるな
・クラウドには個人情報を入れるな

以上を達成して、目的である子供にとって価値のある環境の設計ができればいいので、今回のGIGAスクールの話を一度抜きに考えるとシステム側から設計を変えていく方が現実的ではないかと思います。