本件、専門家ではありませんが、本質は双方のコミュニケーションの問題に帰着すると思われます。
現在の土木技術をもってしても、絶対はありませんし、そうであれば、何かあったときに何をどのように補償するのかという対策とのセットでなければ地元は首を縦には振らないでしょう。
地元の感情を端的に示したものとしては以下静岡新聞のサイトが参考になります。
https://www.at-s.com/news/special/oigawa.html

トンネルと水の関係については、日本では丹那トンネルがまず代表例として挙げられます。熱海と三島をつなぐトンネルですが、工事の際に大量出水がありつつもなんとか完成しました。ところが、真上にあった丹那盆地の地下水が抜ける結果になってしまい、水田が維持できず、やむなく酪農に転換したという歴史があります。丹那盆地には南北に断層が走っており、断層とはすなわち破砕帯であり透水するために一般に水を多く含んでいます。断層をまたぐのかそうでないのかというのは土木工事にあたっては重視すべき点です。
映画「黒部の太陽」でも破砕帯による出水が表現されておりご存知の方もいらっしゃると思います。黒部のトンネルは真上に特に河川などがないにも関わらずあの出水ぶりでしたから、今回も普通に工事すると凄まじい出水があるものと懸念されます。土木技術の進化がこれにどの程度抗えるのかはやってみなければ分からないのが本音でしょう。

いっぽうで、JR東海は南アルプスを貫通するという中ではおおむね現実的と言ってよいルートを選んでいるようにも思います。地下に火山性の水脈がありそうな、山梨県や長野県側の温泉地や、破砕帯により多くの水がありそうなダムの周辺は回避できるようなルートにしています。南アルプスを貫通するという前提の上では、分かりやすいリスクについてはきちんと回避しているとみなせます。

お互いがきちんと腹を割って話をし、また理解しあおうという姿勢がないことが一番の問題点ではないかと思われます。

感情的なもつれも伺わせるやり取りです。工期の見直しは避けられないと思います。静岡県は関係市町村の同意も取り付けており、知恵を出してやり方を変えないと事態は変わらないと思われます。ＪＲ東海はコロナ禍による売上激減、それとリモート社会の到来でリニアの必要性そのものが議論に上がる状況の激変に大変だと思います。ＪＲの中でも利益率抜群の優等生が初めて直面する難題です。

まあどっちにしても今のJR東海の状況だと財務的にもリニア建設はリスクあるかもね

新型コロナウィルス後の社会でも、果たしてリニア新幹線のニーズはあるのでしょうか？

様々な利権があるとは思いますが、延期または中止して、その予算を経済復興に使うなど、柔軟な対応ができれば、すばらしいですね。

※個人的な見解であり、所属する会社、組織とは全く関係ありません

大井川は、利水・治水のダム開発等が次々と行われて、30年前に水枯れとなり、その後水を取り戻したという歴史があるようですね。

今回のポイントは
・工事中の約7年間の間、傾斜工事のため、最大毎秒2トンの水を失ってしまう。
・トンネル完成後は、毎秒2トンの水は、導水トンネルにより大井川に返され、元通りになる。
・工事期間中の毎秒2トンの流水では大井川は枯れないと推定される。
・水源や川の上流での工事は何時の時代でもトラブルことは確実。
となります。

現在も山梨県の水力発電田代ダムに、毎秒5トンに常時提供していますが、それほど問題になっていません。また、大学の専門家など入っていろいろ議論がされているわけですが、工事中に大井川が枯れないという100%の確信がないというところでしょう。ただ、逆に科学的には、自然現象を100%で証明できないものです。

静岡からすれば停車駅にならないのになぜ協力しなきゃなの？が県民の根底にありそう。リニア新幹線の停車駅→品川、相模原、甲府、飯田（長野）、中津川（岐阜）、名古屋

双方いろいろな言い分があるのでしょうが、単純に残念です。

コロナ下でJR東海としてはありがたいブレーキだったりして、、、

川勝平太　って本工事の反対のために付けられたような名前ですね