東京マラソンの申し込み時のエントリ―規約の13号に、返金規約があります。
少なくとも、公式サイトで「費用のうち多くの部分は準備段階で必要となる」などと理由を説明した、というのはダメでしょう。

参考：
「13. 積雪、大雨による増水、強風による建物等の損壊の発生、落雷や竜巻、コース周辺の建物から火災発生等によりコースが通行不能になった結果の中止の場合、関係当局より中止要請を受けた場合、日本国内における地震による中止の場合、Jアラート発令による中止の場合(戦争・テロを除く)は、参加料のみ返金いたします。なお、それ以外の大会中止の場合、返金はいたしません。」

「関係当局による中止要請」条項の準用による返金が合理的な解釈だ。

スポンサーにも、この「準備段階での費用発生」を理由とした部分的請求ができるようにしているのか？

さらに、消費者契約法違反として、返金が強制される可能性はないか？

今回は中止ではなく、大会自体は開催しますが、一般ランナー等の参加は不可となったものですので、想定外だったのでしょうね。
記念品を申込者に贈呈し、参加費で買ってもらった形に収めるのが良策かと。

中止ではなく、エリートランナーのレースはするので、それほど変わりない経費がかかるのだろうか。中止にすれば、多くの額が返金されたり、保険が適用されたりする気もしますが。

イベントにおける参加費返金や切符返金は手間が二重に発生するし、トラブルも増えるので、大変な問題。昨年の台風で中止になったイベントも手間が大変そうだったので余計に感じます。