サーバ情報が盗まれているのだとしたら簡単に再発してしまう問題。WordPressのようなオープンソースのCMSでは辞書攻撃などで管理画面を乗っ取られて改ざんされるケースはままありますが…。
セキュリティ情報を変更したり、その情報の公開範囲を制作会社の一部に絞ったりと対策が大変そうです。

個人情報漏洩の可能性もあるようだが、その点については現在調査中とのこと。