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改定の話はしても良いと思います。ただ、600兆円のために改定したわけではない気がします。
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研究開発費や軍備品の購入がなぜ名目GDPを押し上げるのか?頑張って説明します(使命感)。

まず誤解を解いておくと、今までも政府/民間の研究開発費は「中間消費」としてGDPに含まれていました。
ただし、新しい計算方法では研究開発費を「中間消費」ではなく、「固定資本形成(=設備投資)」と定義を変更します。この時点では定義を変えるだけなのでGDPに影響はありません。

ところが、同じ金額であっても、「中間消費」から「固定資本形成」へと再定義すると、一度きりの費用(中間消費)ではなく、知的財産等が資本化され、その後も価値が残るという仮定が置かれます。
すると、その後はコンスタントに資本(知的財産)が減価償却(固定資本減耗と呼ぶ)されていくことになります。
この減価償却費に当たる部分は1年間の総生産を行ううえでの「費用」として、GDPにカウントされます。

つまり、研究開発費100円が「中間消費」とされてきた現行基準だとGDPへの貢献はそのままずばり100円ですが、新しい基準では「固定資本形成」100円とカウントしたうえに、5年償却だとして20円の固定資本減耗(減価償却費)もGDPに含まれるので、あわせて120円のGDP貢献になります。

分かったような分からないような話ですが、乱暴にまとめると、研究開発費を掛け捨ての費用ではなく知的財産という価値あるものを生み出すと仮定したということ。それと同じことを戦車や軍艦にも適用します。

ちなみに、この再定義によって、基礎研究や軍備への政府予算(どちらも対GDP比で他国より低め)が膨らむバイアスになると僕は考えています(他の使い方よりもGDPへの波及効果がテクニカルに大きいので)。
会社だって会計方針を変更したら、遡及して適用するように求められますが、算出方法を改定するのであれば、元の目標値を新たな算出方法にあわせて修正するのが真っ当な考え方だと思います。

日銀のレポートとはまた別の文脈なんですね。
https://www.bloomberg.co.jp/news/articles/2016-08-12/OBOU736JTSEG01
GDP算出方法改定と名目GDP600兆円の政策目標をつなぎ合わせて論じるとまやかしのように感じてしまいますね。ただ、算出方法を改定すること自体は統計法第6条に基づいて「国際連合の定める国際基準に準拠 するもの」であれば何ら問題はありません。要は改定のタイミングの問題。あくまでも政策目標を掲げた現行の基準で算出された名目GDPで600兆円に達することを目指していただきたいと思います。

「国民経済計算の次回基準改定及び2008SNAへの対応に向けた今後の予定等」
http://www.esri.cao.go.jp/jp/sna/seibi/2008sna/2008sna.html
いつかはやるべきことだが、国民の側からみたら、「手品感」は否めない。
これ改定に関わった人に聞いた話ですが、改定作業をしているとGDPとはなんなのかわからなくなってくるとか。

もともと「付加価値」などと言う幻想に近いものを比較的一般化されたやり方で数値化する試みなので、仕方ないですね。一国家の経済運営上に役立つ指標でありさえすればよいかなと。

追記
チワワさんのコメントで納得
正当な評価なら、それで600兆に近づけばそれでいいと思います。どうせ成長よりインフレの方を期待してるんだろうし。
「安倍政権が掲げる「600兆円経済」の実現に向けて追い風になる可能性もある」

そういう問題ではないと思います。
IFRSだとR&Dを費用でなく投資として資産計上できるようになる。

こんな、どうにでもなるやり方でなく、実態をつかむため、ビッグデータを駆使した方法も併用すべき。
正しいかどうかは別として、30兆円近く上回った日銀の税務データから出したGDPのほうが600兆円に近づきそうですね。
ルールの改定は、会計基準と同じで、必要ならやればいい。でも成長率は過去の数字も訂正して比較しましょう。じゃないと単なる数字のマジック。でもそれでも絶対値(金額)は上がっちゃうから、やっぱり目標600兆円無理矢理達成の為のゲタ履きと思ってしまう。実態経済が活性化したという実感が無ければ、2020年にGDP600兆円達成!と言われてもね。。。
正確な数字を出さなければ、国際的な信用力、
海外からの投資もおぼつかなくなります。

同じ基準で作ってこそ指標に比較可能性が伴います。是非国際基準での作成を。これは物価指数の算定にも同じことが言えます。