ステロイド吸入剤などの気管支喘息治療薬やヒスタミンH2受容体拮抗薬「ザンタック」などを開発・発売していたグラクソと、ゾビラックス（抗ヘルペスウィルス剤）やレトロビル（抗HIV薬）など世界で初めて抗ウイルス薬の開発に成功したバローズ・ウェルカムが1995年に合併（日本法人は1998年に合併）してグラクソ・ウエルカムとなった。その後、世界初のH2ブロッカー薬タガメットや、オーグメンチン（ペニシリン系抗生物質）、パキシル (SSRI) など世界的売上規模を誇る製品を開発・発売してきたスミスクライン・ビーチャムとグラクソ・ウエルカムが2000年に合併（日本法人は2001年1月に合併）して発足した。

ザンタックとタガメットは同薬理をもつ同効の競合品であり、自社品同士での競合を避けるために、タガメットは他社販売へ移管している。日本では、タガメットは大日本住友製薬が販売、ザンタックは第一三共との共同販売活動を行っていたが、2008年4月1日から自社流通のみに変更した。

なお、グラクソ・ウエルカム、グラクソ・スミスクラインそれぞれの合併時に売上規模などで世界1位となったが、その後ファイザーがワーナー・ランバート（2000年）、ファルマシア（2003年）などを買収して世界1位となっている。

ルコゼード、ライビーナとその事業基盤をサントリー食品インターナショナルに2106億円で譲渡した
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日本では、2002年にアース製薬と米国のブロックドラッグが提携していた「ブロックドラッグジャパン」（旧・小林ブロック（小林製薬の子会社））の経営を統合し、ブロック社製造の商品もグラクソ・スミスクラインが受け持つようになる。2005年11月よりアラガン株式会社が輸入販売していたボトックスを扱うこととなった。また、2015年3月には、コンシューマーヘルスケア事業本部がノバルティス ファーマ株式会社のOTC事業部と統合し、両社の合弁事業として、グラクソ・スミスクライン・コンシューマー・ヘルスケア・ジャパン株式会社が新たに設立された（詳細は後述）。