2008年（平成20年）4月に、大阪市東成区に本社を置くセガミメディクス株式会社と東京都府中市に本社を置く株式会社セイジョーの株式移転による経営統合により、株式会社ココカラファイン ホールディングスを設立。「ココカラファイン」の社名は、「ココロ」と「カラダ」を元気（ファイン）にしたいとの願いが込められている。

2010年（平成22年）10月に株式会社ジップドラッグと株式会社ライフォートを傘下に持つ株式会社アライドハーツ・ホールディングスと合併し、商号変更した。この合併により、マツモトキヨシホールディングス（マツキヨHD）、スギホールディングスに続くドラッグストア業界3位となる。

2019年（令和元年）8月16日、マツキヨHDに対して独占交渉権を与え、経営統合の協議を始める覚書を締結し、結論を出すめどは2020年1月末までとしたことを発表した。