福武哲彦が創業した「株式会社 福武書店」（ふくたけしょてん）がルーツ。2代目社長の福武總一郎が「ベネッセコーポレーション」に社名変更後も「福武文庫」など語学関係の書籍に福武のブランドを継続した。現在でも『福武国語辞典』など一般向けの辞典で使用している。

かつては文芸誌「海燕」や「福武文庫」を出し、文芸・人文の出版も活発に行っていたが1990年代後半までに全面撤退し、現在は「教育・語学・生活・福祉」の分野を中心に事業を進めている。出版事業においては、妊娠から出産・育児までの子育て情報誌「たまごクラブ」「ひよこクラブ」、情報・交流・学びなど多様な面で支援する事業領域として、生活マガジン「サンキュ!」、愛犬や愛猫との暮らしに役立つ「いぬのきもち」「ねこのきもち」、幼児～小学生の子どもがいる家庭向けの食生活応援マガジン「ボンメルシィ!」などを展開している。

通信教育事業においては、乳幼児の発達段階に合わせた「こどもちゃれんじ」、小中高生用の進研ゼミ（小学講座・中学講座・高校講座・難関私立中高一貫講座・東大特講・京大特講）などを展開しており、特に教育・受験産業の分野を強みとした大手の出版社である。

激変する教育環境に対応する商品・サービスを通して、改めて「教育のベネッセ」として事業強化を推進しており、教育事業の業績は好調である。2005年（平成17年）より産業再生機構の要請によりPC教室アビバの支援スポンサーとなり、採算性を改善し2009年（平成21年）3月期には黒字転換を果たした。しかしアビバ単独での業務拡大は困難と判断したことやベネッセの他事業との相乗効果が見られなかったことを理由として、2010年（平成22年）3月に全株式をスリープログループに譲渡し、アビバはグループから外れた。

2007年（平成19年）4月下旬に全国一斉に行われた文部科学省の全国学力・学習状況調査（全国学力テスト）では、小学生におけるデータ集計業務全般を担当した。

持株会社であるベネッセホールディングスは東証第1部に上場している（証券コード:9783）。筆頭株主は従来、会長の福武總一郎個人であったが、福武および福武の妻・れい子が所有する全株式が、福武の個人会社である「イーエフユー インベストメント リミテッド」に移管され、日本マスタートラスト信託銀行に信託財産として拠出されているため、外面上の筆頭株主は2013年（平成25年）3月現在、日本マスタートラスト信託銀行となっている。

ゆとり教育などの教育方針の転換などに合わせた教材に力を入れている。その一方で顧客情報を元にダイレクトメールを送付するダイレクトマーケティングを強みとするが、それを批判する意見もある。→詳しくは進研ゼミ#ダイレクトメールを参照。

SNSやクラウドコンピューティングを教育に取り入れる一環でUstreamなどを利用した教育も行っている。