1870年ノルウェー系アメリカ人ウィリアム・コープランド（William Copeland）が横浜居留地・山手123番（2016年現在の横浜市中区 (横浜市)諏訪町・北方小学校付近、2018年現在キリン園公園として記念碑が建つ）に設立した、日本で初めて大衆向けにビールを醸造・販売した企業「スプリング・バレー・ブルワリー（コープランドビール）」を起源としている。そのため、日本のビール産業の草分け的存在として認知されている。

その後、日本初のビアガーデンの開業、経営破綻（工場の一時閉鎖）、トーマス・ブレーク・グラバーや岩崎弥之助らによる企業再建（「ジャパン・ブルワリー（二代目）」を設立）などの変遷を経て、1907年に三菱財閥傘下の日本国籍会社「麒麟麦酒」として新発足し、第二次世界大戦後は、国内ビールのシェアの首位を獲得。アサヒビールのスーパードライの台頭までは、継続的に首位を守った。2016年現在は、アサヒビールに首位を譲っているが、創業以来の独特の苦みとコクをウリにしたビールの固定ファンの存在と、新商品の投入合戦で、熾烈なシェア争奪戦を繰り広げている。ただし、最近ビールや低アルコール飲料の新商品を大量投入しており、ビール系飲料のラインナップ数とビール系飲料以外も含めた酒類の販売高は業界一となっている。

近年は、酒類事業とバイオ事業を基軸にした総合企業を標榜し、永昌源との業務･資本提携、武田薬品から調味料事業を買収する（現MCフードスペシャリティーズ）などの多角化を行い、2007年7月1日、それまでの事業持株会社から、純粋持株会社へ移行し、キリンホールディングスと社名変更した。

それと前後して、会社分割を行い、事業子会社として、国内酒類事業会社の麒麟麦酒（旧・キリンホールディングス）、医薬品事業会社のキリンファーマ（現・協和発酵キリン）、経理・人事など間接業務を取りまとめる会社のキリンビジネスエキスパートなどを設立。また、2006年10月1日に飲料事業を担当するキリンビバレッジを完全子会社化し、同年12月にメルシャンを友好的な株式公開買い付け（TOB）によって子会社化し、2007年4月1日からは、メルシャンとの営業の共同展開を開始。また、RTD（低アルコール飲料）・焼酎などの研究開発機能をキリン醸造研究所に集約。2007年7月1日からは、RTD、焼酎、梅酒、洋酒（一部商品を除く）、合成清酒の販売を麒麟麦酒へ移管し、逆に麒麟麦酒のワイン販売事業をメルシャンへ移管。物流部門ではメルシャンから移管を受けたRTDは麒麟麦酒の物流網（キリン物流、2016年現在はキリン株式会社傘下のキリングループロジスティクス）に統合し、ワイン、梅酒、洋酒、中国酒、合成清酒はメルシャン物流網に統合した。なお、メルシャンからキリンへ移管された商品のブランド名は、順次メルシャンからキリンへ変更されている。

なお、2007年6月30日までの「キリンホールディングス株式会社」は、持株会社の準備会社（企画部門）として設立された会社であり、2007年7月1日に麒麟麦酒株式会社（旧）が担っている国内での酒類の製造・販売事業を引き受け、事業会社として「麒麟麦酒株式会社（新）」と社名変更している。逆に、麒麟麦酒株式会社は「キリンホールディングス株式会社（新）」と社名変更し、純粋持株会社へ移行している。

2009年7月13日、複数のマスメディアにより、サントリーホールディングスとの経営統合に向け交渉している事が報道された。狙いは日本が市場として縮小する中で、海外に商機を拡大するのが目的とされている。しかし統合比率などで両社の隔たりが大きすぎたことから、2010年2月8日に交渉中止を発表した。

2013年1月1日に、国内での飲料事業を統括するための新会社として、キリン株式会社が設立（キリングループオフィス株式会社の事業内容と社名を変更）され、主要子会社である麒麟麦酒株式会社、キリンビバレッジ株式会社、メルシャン株式会社の全株式を同社に移管した。

2019年2月5日、取締役会を開き、孫会社にあたる協和発酵バイオの子会社化を決定した。子会社の協和発酵キリンから、株式95％を約1280億円で取得する。