産業革新機構の主導で、ソニー・東芝・日立のディスプレイ部門が統合されて誕生し、2012年4月1日に事業活動を開始した。2009年に東芝に統合されたパナソニックの液晶部門（東芝松下ディスプレイテクノロジー株式会社）、同じく2011年にソニーに統合されたセイコーエプソンと三洋電機の液晶部門（三洋エプソンイメージングデバイス株式会社）など、それ以前に各社に統合されていたメーカーを含めると、ホンハイ傘下となったシャープや、京セラ傘下の京セラディスプレイ、三菱電機傘下のMDTIなどを除く日本の大半のディスプレイメーカー（ソニー・東芝・日立・トヨタ・三洋・エプソン・パナソニック・キヤノン）が統合され、さらに政府系ファンドが経営に関与する、文字通りの「日の丸液晶」である。

スマホ向けの小型液晶で高いシェアを持つ。中小型向け液晶パネルの出荷額でのシェアは2015年（平成27年）度で世界1位であり、他の年度でもシャープやLGなどとトップを争う（ただし、中小型パネルに有機ELを含めた場合は、シェア1位のサムスン電子に水をあけられている）。車載向けの小型液晶でも世界1位（2015年度）であり、2016年度には2017年3月発売予定のゲーム機Nintendo Switchにディスプレイを供給したため、ゲーム機向け液晶でもシャープに次ぐ世界2位のシェアがあった（なおローンチ版Nintendo Switchの液晶を生産したJDI茂原工場の4.5世代ラインは2016年に閉鎖されたため、2016年度のみ。任天堂の携帯機は1980年以来シャープが独占的に供給しており、2017年以降はSwitchの方もシャープと群創光電のフォックスコングループがほとんどを供給している）。一方で、大型パネルに関しては全くシェアが無い。また、データの上では「中小型向け液晶でトップ」となっているが、実際はパソコンやタブレットを中心とする中型パネルのシェアも全くない。例えば2016年（平成28年）度において、スマホを中心とするモバイル向けが8割、とりわけiPhoneへの依存率は5割を超えるなど、スマホ向け小型液晶事業に、さらに言うとiPhoneと言う1つのスマホに極度に依存している。なお、アップルの次に依存率が大きいのがファーウェイで、アップルとファーウェイの2社だけでジャパンディスプレイの売り上げの7割を占めている（2017年（平成29年）3月期）。

2016年（平成28年）に、主にパソコン向けの中型ディスプレイに参入した。

2017年（平成29年）には有機ELパネルと同様に曲げることができる液晶パネル「フレキシブル液晶パネル『フレックス』」や、有機ELパネルを超える透過率80パーセントの液晶パネルを開発するなど、液晶の技術に関しては世界最先端のメーカーの一つである。2010年代後半には、韓国メーカーのみならず中国メーカーも有機ELパネルの量産に成功し、マイクロLEDや量子ドットなど有機ELの次世代ディスプレイへの投資も始まりつつある中、ジャパンディスプレイは次世代液晶パネルの開発を盛んに進めており、ジャパンディスプレイは、これらの次世代液晶パネルで有機ELパネルに対抗できると主張している。

2017年（平成29年）現在、液晶事業の見直しと、将来の有機ELパネルの量産に向けて投資する計画があり、JDIと同じく産業革新機構が投資する関連会社であるJOLEDを子会社化してJOLEDの印刷方式で有機ELパネルの2017年（平成29年）度中の量産を目指す計画や、JOLEDを子会社化せずにJDI自身の蒸着方式で有機ELパネルの2018年度中の量産を目指す計画などがある。ただしJDIは業績不振であるため、投資の資金が無く、計画は難航している。産業革新機構からは、2014年（平成26年）の設立時に2000億円、2016年（平成28年）から2017年（平成29年）にかけても750億円の投資が追加でなされており、赤字の民間企業に数千億円もの国の金を投入し続けることに対して、「国がやるべきことなのか」との批判もある。

2017年（平成29年）夏に、2019年度以降の黒字化を目指して（この時点で2018年（平成30年）度の赤字が確定している）、抜本的改革が行われる方針が表明された。アップルの支援で旧東芝モバイルディスプレイ時代の2012年（平成24年）に建設されたばかりの能美工場の閉鎖、石川工場を車載向けパネル生産に転換、4000人規模のリストラ、銀行からの1100億円の融資（産業革新機構が融資の返済を保証）、などを検討している。