ファーストフードの加工販売を行い、店舗内にその飲食のためのイートインコーナー（飲食コーナー）が設けられているのが他のコンビニエンスチェーンとは違った特徴である。ミニストップ本部は、この独自の業務形態を「コンボストア」と称している。

イオングループの一員としてトップバリュ製品を取り扱っているが、一部商品はイオンやマックスバリュより価格を上乗せして販売している。商品の配送は日立物流が行っている。

電子マネーやクレジットカードを利用しての支払いに対応している。詳しくは決済の項目を参照。

全店舗に郵便ポストが設置されている。

コンビニATMは一部店舗でイーネットあるいはイオン銀行ATMが設置されている。近年はイオン銀行ATMへの置換・新規設置を強力に推進し、セブン-イレブンにおけるセブン銀行のように店の資金管理にも利用されている。

キャッチコピーは「街角のあなたの憩いの場 ミニストップ」。

オリジナル均一価格菓子として「おやつラボ」があったが、2012年9月より「食べごこち菓子 MINIきぶん」にリニューアルされている。

2010年4月よりケータイクーポンの配信を始め最新の商品情報やお買い得情報のチェックができる。2012年よりWAONでの決済で対象の商品が自動的に割引になる「WAOポン」のサービスを、2013年より店内設置のMINISTOP Loppiでの手続きでクーポンを発行して割引が受けられるサービスを開始している。

1989年にGKインダストリアルデザイン研究所制作による、現在のロゴマーク「ハウスマーク」に変更された。ロゴマークの家と木は「街角のあなたの憩いの場」を意味し、シンボルカラーの黄・青・橙色の線は南カリフォルニア・南カリフォルニアの青空・オレンジ果実をイメージしたもの。2013年頃より「MINISTOP」の看板の左隣にイオングループ共通の「AEON」の看板（マゼンタ地に白抜きで「AEON」と描かれている）の設置が進められている。