1994年（平成6年）設立当初、大阪市が過半数以上を出資する企業であったが、2005年（平成17年）にゴールドマン・サックス証券（引受会社としてクレインホールディングスを設立）に対して優先株式の発行と新融資パッケージへの転換を伴うリファイナンスを実施。現在はゴールドマン・サックス子会社であるSGインベストメンツ株式会社の完全子会社になる。2010年（平成22年）2月をもって同社に吸収合併。商号を株式会社ユー・エス・ジェイに変更。

もともと、この敷地は日立造船や住友金属工業などの重工業の生産拠点であった。敷地は定期借地権方式による賃借であり、基本的には50年リース。

また、外資系企業としては珍しく2004年（平成16年）12月に労働組合（ユー・エス・ジェイクルーアライアンス、全国繊維化学食品流通サービス一般労働組合同盟に加盟）も結成されている。

開業時に金融機関から1,250億円の借り入れを行っており、その結果毎年約100億円の返済を迫られていた。さらに、アトラクション施設の減価償却費が毎年売上高の約2割にあたる約150億円が必要だったため経営は厳しかった。このため、ユー・エス・ジェイは2005年にゴールドマン・サックスグループなどを引受先とする250億円の第三者割当増資を行って得た資金を借入金返済にまわし、借入金を約650億円に圧縮、有利な返済条件で借り換えも行った。それに加え、2004年と2005年は新規採用をせず、選択退職も導入し、費用削減も図った。その結果、2007年度（平成19年度）は経常収支が24億円、最終損益が10億円と初の黒字を計上している。

USJの敷地のうち、約40%に当たる約20万平方メートルは大阪市の市有地であり、この市有地部分の賃料について、USJは当初、賃料を1平方メートル当たり月額388円とすることで2007年までに大阪市と合意。しかし、民有地部分については賃料が当時の価格で1平方メートル当たり516円であるため、大阪市はこれと同額とするよう、大阪地方裁判所に提訴。2015年3月6日に同地裁は、ユー・エス・ジェイの収益が安定しているためとして、大阪市の訴えを一部認める判決を言い渡した。